GemCode 是10X Genomics公司推出的一款大片段 DNA 建庫分析平臺。在2015年十大生命科學領域創(chuàng)新產(chǎn)品評選中名列第一，博奧晶典是國內首家引進此平臺的公司。近日，10X Genomics GemCode平臺全新升級，推出了最新的Chromium?系統(tǒng)。此次更新的亮點在于：該系統(tǒng)長片段建庫和分析基礎上的單細胞轉錄組測序、基因組測序以及外顯子組測序。
Chromium?系統(tǒng)-單細胞轉錄組測序
能夠發(fā)現(xiàn)單體型細胞的動態(tài)基因表達，可以對高通量的數(shù)字基因表達的復雜細胞群進行深入分析。通過表達譜追蹤到單個細胞以避免單細胞的相關信號被體積平均測量所掩蓋。
Chromium?系統(tǒng)-基因組測序
能夠在全基因組范圍內提供長片段信息,包括突變、分型及基因組結構的變異。能夠揭示基因突變在遺傳性疾病中的重要遺傳信息,發(fā)現(xiàn)與癌癥相關的關鍵性改變。
Chromium?系統(tǒng)-外顯子組測序
提供長片段信息進行分型、結構變異檢測、拷貝數(shù)檢測，使研究人員獲得短讀長測序無法獲得的復雜度區(qū)域和重復區(qū)域信息。
亮點升級
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全新的Chromium?系統(tǒng)可以解決二代測序基因組組裝 contig 過短、組裝較碎,組裝序列大片段連接錯誤、染色體掛載率較低等難題。
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常規(guī)數(shù)據(jù)量即可輕松實現(xiàn)重復序列定位、復雜染色體結構變異檢測。
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比三代測序更便宜、更準確。
Chromium?平臺依舊采用微流體和條形碼技術，與原有的GemCode平臺相同，但分辨率更高。該平臺的分區(qū)由原來的10萬個增加到100萬個，條形碼的數(shù)目由75萬增加到400萬，因而，每一個分區(qū)中的DNA分子數(shù)由50個變?yōu)?個，極大的提升了組裝質量，這些改進將幫助測序更接近單分子水平。
單細胞RNA測序產(chǎn)品
客戶將能夠在每個channel中裝載1,000~6,000個單細胞，同時運行8個channel，即一共可裝載48,000個細胞。單細胞代替DNA被裝載到平臺中，從中提取RNA，對來自同一細胞的分子進行條形碼標記，測序后得到的reads按細胞來源進行分組。該技術可以識別出細胞亞群，即使這些細胞只占整個群體的1%。單細胞RNA測序中發(fā)現(xiàn)了預期中的外周血單核細胞群的亞群（例如初始T細胞、CD4 T細胞、樹突細胞、NK細胞、祖細胞等），都恢復到了預期組分比例。研究人員可利用單細胞RNA測序技術研究更加復雜的腫瘤樣本，例如慢性淋巴細胞白血病樣本，以研究疾病復發(fā)的標記物，或者對接受過骨髓移植的白血病患者進行研究，在單細胞水平研究免疫重建。
升級帶來的重要意義
單細胞測序其實就是對人體的單個細胞測序。某種器官整體發(fā)生病變并不是疾病導致的，單個細胞才是疾病的基本單位。然而，目前各種疾病檢測和診斷并沒有顧及各種細胞之間的差異性，現(xiàn)在的基因檢測大多是基于組織或血液進行相關分析。實際上，這種檢測過程得到的是平均結果，沒有很好的反映身體的實際情況，含量較少的變異基本都被“平均掉了”。
單細胞測序的使用價值就在于，把病變組織的所有細胞進行檢測以全面掌握疾病的信息，預測疾病的發(fā)展動向。10X Genomics公司推出的GemCode升級產(chǎn)品——Chromium系統(tǒng)，最重要的功能就是可以實現(xiàn)單細胞測序。
目前單細胞測序已經(jīng)廣泛用于微生物學、神經(jīng)學、人體發(fā)育、免疫、癌癥、輔助生殖等領域的研究。臨床中已經(jīng)開展了癌癥與輔助生殖研究。在癌癥診治的臨床應用中，利用單細胞測序分析癌組織遺傳物質的變化可以更加準確的診斷癌癥發(fā)生的原因，為治療提供更加精準的靶點信息。同時，利用單細胞測序技術分析血液中罕見的CTC遺傳信息的變化，可以有效監(jiān)測腫瘤的變化。實際上，單細胞測序是對精準醫(yī)療的一次縱深，這也是近期生物技術公司在該領域動作密集的主要原因。
